शिवसेना प्रमुख बाल ठाकरे ने मालेगांव विस्फोट का संबंध हिंदू संगठनों से बताने के लिए राष्ट्रवादी कांग्रेस के प्रमुख शरद पवार की आलोचना की है । शिवसेना के मुखपत्र 'सामना' में छपे एक इंटरव्यू में ठाकरे ने कहा, 'आप मालेगांव विस्फोट का मुद्दा लगातार उठा रहे हैं और हिंदुओं को बदनाम कर रहे हैं। हिंदुओं को आपको वोट क्यों देना चाहिए?' ठाकरे ने कहा, 'आप ऐसा क्यों कह रहे हैं कि मालेगांव के बाद देश में कोई विस्फोट नहीं हुआ? क्या मालेगांव विस्फोट के बाद मुम्बई हमला नहीं हुआ?' ठाकरे ने पवार की कथित तौर पर इस टिप्पणी पर प्रतिक्रिया जताई कि मालेगांव विस्फोट के आरोपियों प्रज्ञा सिंह ठाकुर एवं अन्य की गिरफ्तारी के बाद देश में कोई विस्फोट नहीं हुआ। ठाकरे ने दावा किया कि 'मराठी प्रधानमंत्री' का विचार उनका दिया हुआ है। उन्होंने कहा, 'पवार जब सेना के प्लेटफार्म पर आए तो हमने घोषणा की कि आप (पवार) दिल्ली संभालिए, हम महाराष्ट्र देखते हैं। इस प्रस्ताव में गलत क्या था? आज वे कांग्रेस के साथ हैं और तीसरे मोर्चे के साथ भी सहज दिख रहे हैं ।' ठाकरे ने कहा, 'उत्तरप्रदेश और बिहार के यादव 'हिंदी' के बैनर तले एक हो गए। लेकिन हम 'मराठी' के तौर पर ऐसा ही प्रयास करें तो हमें क्षेत्रीय उग्र राष्ट्रवादी कहा जाएगा।' ठाकरे की टिप्पणी से प्रतीत होता है कि शिवसेना ने पवार के प्रधानमंत्री पद की दावेदारी से खुद को अलग कर लिया है।